Está promovido en la actualidad por la Secretaría de Estado del Deporte del Gobierno de la República Árabe Saharaui Democrática y organizado por voluntarios de diferentes nacionalidades. La coordinación de todo el desarrollo del evento corre a cargo de dos organizaciones solidarias, la Asociación El Ouali de Bolonia (Italia) y la Asociación Proyecto Sahara de Madrid (España). Para la promoción y coordinación de los participantes de otros países, colaboran también con la organización Marie Frison desde Francia, Wolfgang Hoffman desde Alemania, Oddvar Rosten desde Noruega y Danielle Lewis desde Inglaterra.

El SaharaMarathon incluye, además del clásico recorrido, también las distancias de 21 km, 10 km, 5 km y la carrera de los niños, tiene la finalidad de impulsar la práctica deportiva entre los y las jóvenes saharauis y de financiar proyectos de ayuda humanitaria.
Asimismo, tiene como objetivo la concienciación y movilización internacional ante un conflicto que dura ya más de 34 años.

Treinta y cuatro años de sufrimiento para un pueblo afectado por las consecuencias de un conflicto que está enterrando sus esperanzas, generación tras generación, en los campos de refugiados de Tindouf (Argelia), lejos de su país. Treinta y cuatro años sin que la comunidad internacional consiga desbloquear la situación. Una carrera para evitar que el pueblo saharaui caiga en el olvido.